Ngoài các thuận lợi nêu ở trên, AutoIt cũng mắc phải một số điểm yếu khiến người dùng vô cùng khó chịu:

• Hệ thống dữ liệu không định kiểu: AutoIt không định nghĩa kiểu dữ liệu cho các biến, điều này là 1 thuận lợi khá lớn cho người không chuyên nghiệp nhưng đối với những người chuyên nghiệp thì thực sự rất khó chịu vì rất khó debug.
• Dễ bị Decompile: Khi biên dịch, mã nguồn của AutoIt bị nén luôn vào tệp tin thực thi, dù có được mã hóa đi nữa nhưng vẫn dễ dàng để decompile, một số lập trình viên có trình độ thường phải dùng thêm một số thủ thuật để khắc phục.
• Thường bị các chương trình diệt Vi-rút nhận diện là mã độc.